scispace - formally typeset
Search or ask a question
Journal ArticleDOI

MspI polymorphism of bovine growth hormone gene on locus-2 and its effect on daily gain of body weight

TL;DR: In this paper, the authors identify growth hormone gene variation of Indonesian native cattle, PO cattle, and to know the effect of the variation on growth rate (daily gain) of the cattle.
Abstract: The objectives of the research were to identify growth hormone gene variation of Indonesian native cattle, PO cattle, and to know the effect of the variation on growth rate (daily gain) of the cattle. White blood cells were extracted from the samples of total blood by buffy coat method. DNA was then extracted from white blood cells using Wizard Genomic Purification kit. PCR-RFLP using MspI restriction enzyme was employed to detect polymorphic site on locus 2 of GH gen continued with sequencing for some representative genotypes. Phenotypicdata of growth rate (daily gain) measured for 90 days, while sex and age were used as supporting phenotypic data. All data were then analysed statistically using Anova model implemented in JMP program from SAS. The result of the analysis indicated that MspI polymorphism affect growth rate significantly (P=0.01), in which MspI (+-) genotype resulted in best growth of PO cattle. Age and sex were also affect growth of the cattle.© 2005 Jurusan Biologi FMIPA UNS SurakartaKey words: PO cattle, PCR-RFLP, GH gene, growth

Content maybe subject to copyright    Report

B I O D I V E R S I T A S ISSN: 1412-033X
Volume 6, Nomor 2 April 2005
Halaman: 77-81
Alamat korespondensi:
Jl. Ir. Sutami 36A Surakarta 57126
Tel. & Fax.: +62-271-663375
e-mail: ssutarno@mipa.uns.ac.id
Polimorfisme MspI pada Lokus 2 Gen Hormon Pertumbuhan
Sapi PO dan Pengaruhnya terhadap Capaian Berat Badan Harian
MspI polymorphism of bovine growth hormone gene on locus-2 and its effect on daily
gain of body weight
SUTARNO
1,
, ARIS JUNAIDI
2
, BAHARUDIN TAPPA
3
1
Jurusan Biologi FMIPA Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta 57126.
2
Fakultas Kedokteran Hewan, Universitas Gajah Mada (UGM), Yogyakarta 55281.
3
Pusat Penelitian Bioteknologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI), Cibinong-Bogor 16002.
Diterima: 4 Januari 2005. Disetujui: 12 Pebruari 2005.
ABSTRACT
The objectives of the research were to identify growth hormone gene variation of Indonesian native cattle, PO cattle, and to know the effect
of the variation on growth rate (daily gain) of the cattle. White blood cells were extracted from the samples of total blood by buffy coat
method. DNA was then extracted from white blood cells using Wizard Genomic Purification kit. PCR-RFLP using MspI restriction enzyme
was employed to detect polymorphic site on locus 2 of GH gen continued with sequencing for some representative genotypes. Phenotypic
data of growth rate (daily gain) measured for 90 days, while sex and age were used as supporting phenotypic data. All data were then
analysed statistically using Anova model implemented in JMP program from SAS. The result of the analysis indicated that MspI
polymorphism affect growth rate significantly (P=0.01), in which MspI (+-) genotype resulted in best growth of PO cattle. Age and sex were
also affect growth of the cattle.
© 2005 Jurusan Biologi FMIPA UNS Surakarta
Key words: PO cattle, PCR-RFLP, GH gene, growth.
PENDAHULUAN
Pertumbuhan merupakan indikator terpenting dalam
produksi daging pada sapi pedaging, sehingga memiliki
nilai ekonomi penting dalam budidaya sapi pedaging. Sapi
PO/ Peranakan Ongole/ Benggala merupakan salah satu
sapi pedaging lokal Indonesia yang memiliki kelebihan
berupa kemampuan adaptasi yang tinggi terhadap
lingkungan Indonesia baik terhadap iklim, ketersediaan
makanan alami, ketersediaan air dan juga ketahanan
terhadap bakteri maupun parasit yang ada di lingkungan
Indonesia. Meskipun sapi jenis ini mampu berkembang biak
dengan baik di Indonesia, namun kualitas dan kuantitas
produksinya masih kalah dengan sapi impor.
Peningkatan kualitas maupun kuantitas produksi daging
bagi sapi lokal Indonesia akan lebih tepat bila dilakukan
melalui seleksi yang tidak hanya berdasarkan pada
penampakan luar (fenotip), melainkan melalui seleksi
langsung pada tingkat DNA yang mengkodekan fenotip
yang ingin diperbaiki kualitasnya. Peta DNA pada sapi
(bovine genome map) yang dibuat berdasarkan marker
pada aras DNA menggunakan teknik molekuler seperti
RFLP, microsatellite, minisatellite, PCR-RFLP, PCR-SSCP
dan RAPD telah memungkinkan untuk mengidentifikasi
lokus-lokus gen yang bertanggung jawab terhadap variasi
sifat yang memiliki nilai ekonomi penting (quantitative trait
loci; disingkat QTL). Berdasarkan peta semacam inilah
muncul suatu pendekatan molekuler untuk melakukan
pemuliaan hewan guna memperoleh suatu individu unggul.
Teknik ini dikenal dengan Marker Assisted Selection (MAS),
suatu pendekatan langsung untuk memperoleh hewan-
hewan yang secara genetik superior. Efisiensi dari MAS
dalam peningkatan kualitas hewan produksi tergantung
pada beberapa faktor antara lain heritabilitas sifat yang
akan ditingkatkan, proporsi varian sifat tambahan (additive
genetic variance) yang disebabkan oleh marker dan
ketepatan teknik seleksi. Namun demikian, Edwards dan
Page (1994) serta Lande dan Thompson (1990)
menyatakan bahwa peningkatan sifat genetik sampai 50%
dapat dipastikan terjadi dengan MAS ini. Peningkatan ini
terjadi karena lebih akuratnya teknik seleksi dengan MAS,
dan pengurangan waktu seleksi antar generasi karena gen
dapat diidentifikasi sejak awal kelahiran atau bahkan
semasa masih dalam embryo.
Pertumbuhan sapi dipengaruhi oleh faktor lingkungan
dan faktor genetis. Faktor lingkungan meliputi: pakan, baik
hijauan maupun konsentrat, air, iklim dan fasilitas
pemeliharaan yang lain. Pengaruh pertumbuhan yang
disebabkan faktor lingkungan ini tidak diturunkan kepada
anakan. Sedangkan faktor genetis yang dikendalikan oleh
gen akan diturunkan kepada keturunannya. Pertumbuhan
dikendalikan oleh beberapa gen, baik yang pengaruhnya
besar/utama (major gene) sampai yang pengaruhnya kecil
(minor gene). Salah satu gen yang diduga merupakan gen
utama dalam mempengaruhi pertumbuhan adalah gen
pengkode hormon pertumbuhan yang mempengaruhi
sekresi hormon pertumbuhan.
Sampai beberapa tahun yang lalu, seleksi untuk
memperoleh bibit unggul umumnya dilakukan hanya
berdasarkan penampakan luar (data fenotip). Individu yang
DOI: 10.13057/biodiv/d060201

BIODIVERSITAS Vol. 6, No. 2, April 2005, hal. 77-81
78
memiliki fenotip baik dikawinkan dengan individu lain yang
fenotipnya juga baik dengan harapan diperoleh keturunan
yang fenotipnya baik. Namun demikian ternyata teknik ini
kurang tepat. Keadaan lingkungan yang menguntungkan,
misalnya faktor makanan, air dan pemeliharaan dapat
menjadikan suatu individu memiliki penampakan luar yang
baik, namun faktor ini tidak dapat diturunkan. Dengan
demikian, perlu adanya seleksi yang didasarkan pada gen
yang bertanggung jawab terhadap munculnya sifat fenotip
yang diinginkan.
Hormon pertumbuhan pada sapi (bovine growth
hormone) mempunyai peran utama pada pertumbuhan,
laktasi dan perkembangan kelenjar susu (Cunningham,,
1994; Hoj et al., 1993). Gen hormon pertumbuhan sapi
(bovine growth hormone gene) telah dipetakan terletak
pada kromosom 19 dengan lokasi q26-qtr (Hediger et al.,
1990). Sekuen gen ini terdiri dari 1793 bp yang terbagi
dalam lima ekson dan dipisahkan oleh 4 intron. Intron A, B,
C dan D berturut-turut terdiri dari 248 bp, 227 bp, 227 bp
dan 274 bp. Variasi gen pengkode hormon pertumbuhan
telah dilaporkan pada sapi Eropa, misalnya sapi perah jenis
Red Danish (Hoj et al., 1993), sapi pedaging jenis Bavarian
Simental (Schlee et al., 1994a), serta sapi pedaging jenis
Hereford dan Composite (Sutarno, 1998; Sutarno et al.,
1996).
Penelitian yang dilakukan pada sapi jenis Hereford dan
Composit di Wokalup Research Station Australia Barat oleh
Sutarno et al., (1996) dan Sutarno (1998) menunjukkan
bahwa variasi pada lokus gen hormon pertumbuhan secara
signifikan berhubungan dengan terjadinya variasi rerata
pertumbuhan. Sebelumnya, Schlee et al. (1994b)
menemukan bahwa perbedaan genotip dari gen hormon
pertumbuhan mempengaruhi konsentrasi sirkulasi hormon
pertumbuhan dan IGF-I pada sapi Eropa jenis Simental.
Rocha et al. (1991) juga telah menemukan hubungan
signifikan antara allele hormon pertumbuhan dengan berat
badan waktu lahir serta lebar punggung saat lahir pada sapi
jenis Brahman. Meskipun variasi-variasi ini telah dilaporkan
pada beberapa jenis sapi Eropa, sampai saat ini belum ada
laporan mengenai terjadinya variasi gen pengkode hormon
pertumbuhan pada sapi pedaging lokal Indonesia. Lebih
jauh lagi, belum ada laporan mengenai pengaruh variasi
gen ini terhadap sifat fenotip pertumbuhan.
BAHAN DAN METODE
Bahan dan alat
Sebanyak 114 sapi PO dari kelompok ternak sapi
potong Ds Glinggo, Ds Samigaluh dan Ds Ringin, Kec.
Kalibawang, Kab. Kulonprogo Yogyakarta dan Ds. Wolo,
Kec. Penawangan, Kab. Grobogan digunakan dalam
penelitian ini. Sampel darah diambil secara
venepuncture, menggunakan venoject. Darah yang
diperoleh dimasukkan ke dalam 50ml tabung reaksi
berisi heparin yang berfungsi sebagai antikoagulon.
Sepuluh mililiter darah ini di ambil dan disimpan pada
suhu –70
o
C untuk referensi dikemudian hari,
sedangkan sisanya digunakan langsung dalam
penelitian ini untuk diekstrak sel darah putihnya.
Pemisahan sel darah putih dari sampel darah
Sel darah putih diekstrak menggunakan teknik Buffy
coat. Total darah dimasukkan ke dalam tabung
sentrifus, dan kemudian disentrifugasi pada kecepatan
1500 g selama 15-20 menit. Buffy coat yang diperoleh
kemudian diambil dengan menggunakan pipet,
dipindahkan ke dalam 20mL tabung sentrifus dan
dipenuhi dengan larutan buffer TE1, dan kemudian
disentrifugasi pada kecepatan 2000 g selama 10-15
menit. Pellet yang diperoleh kemudian diresuspensikan
dalam 1mL bufer TE2, dan kemudian dipindahkan ke
dalam tabung penyimpan (Nunc) untuk disimpan pada
suhu –80
o
C sampai saat digunakan untuk proses
selanjutnaya.
Ekstraksi DNA
DNA diekstraksi dari sel darah putih dengan
menggunakan teknik Wizard Genomic Purification
System (Promega, Madison USA).
PCR-RFLP
DNA yang diperoleh langsung digunakan untuk
reaksi PCR yang dilakukan dalam mesin PCR
(thermocycler Perkin Elmer 2400/ 9700). Reaksi ini
digunakan untuk mengamplifikasi 2 gen hormon
pertumbuhan. Reaksi dilakukan dalam suatu volume
campuran sebanyak 25μL yang berisi 200μM dari
masing-masing dNTPs, 2mM MgCl
2
, 10x bufer dan 1,5
unit Taq DNA polymerase dalam 0.6ml tabung PCR.
Amplifikasi gen hormon pertumbuhan
Lokus 2 gen hormon pertumbuhan (GH-L2), yang terdiri
dari 329bp meliputi Exon III dan IV diamplifikasi dengan
PCR menggunakan primer GH5/GH6 (Sutarno, 1998)
dengan urutan oligonukleotida sebagai berikut:
GH5: 5’-CCCACGGGCAAGAATGAGGC-3’
GH6: 5’-TGAGGAACTGCAGGGGCCCA-3’
Kondisi reaksi amplifikasi PCR adalah: satu tahap
reaksi denaturasi awal pada suhu 94
o
C selama 5 menit,
diikuti dengan 30 siklus amplifikasi yang masing-
masing siklus terdiri dari: denaturasi pada 94
o
C selama
45 detik, annealing pada 60
o
C selama 45 detik, dan
extension pada 72
o
C selama 1 menit; diikuti dengan
satu tahap polymerasi final pada 72
o
C selama 5 menit.
RFLP analisis
Hasil dari amplifikasi dengan menggunakan reaksi
PCR langsung digunakan dalam reaksi digesti dengan
menggunakan enzim restriksi. Fragmen dari gen
hormon pertumbuhan lokus 2 gen hormon pertumbuhan
hasil amplifikasi didigesti dengan menggunakan enzim
MspI untuk mengidentifikasi situs polymorfisme MspI.
Sequensing
Beberapa tahap sebelum proses sekuensing
dilakukan di Sub-lab Biologi, Lab Pusat MIPA UNS,
kemudian tahap sekuensing dilakukan oleh Eijkman
Institute of Molecular Biology Jakarta.
Pengambilan data fenotip
Data fenotip utama yang dikoleksi pada penelitian
ini adalah berat badan (bobot) awal dan setelah hari ke
90 setelah pengambilan data fenotip pertama,
sedangkan data fenotip pendukung adalah jenis
kelamin dan umur.
Analisis data
Analisis menyeluruh terhadap data-data genotip, fenotip
dan data-data pendukung tersebut dilakukan dengan
menggunakan model Anova:
Y
ijklmn
= μ + B
i
+ S
j
+ D
l
+ Y
m
+ G
n
+ e
ijklmn

SUTARNO dkk. – Polimorfisme MspI pada sapi lokal
79
Gambar 1. Hasil amplifikasi dengan PCR menggunakan primer GH-5 dan GH-6 untuk mengamplifikasi fragmen 329bp dari lokus II gen
hormon pertumbuhan.
Gambar 2. Foto gel hasil elektrolisis terhadap hasil analisis PCR-RFLP menggunakan enzim restriksi MspI lokus 2 gen hormone
pertumbuhan sapi PO yang diamplifikasi dengan PCR. Kolom 1 = MspI (+-), 2 = MspI (-), 3 = MspI (++), dan 4 = Uncut.
Pada model tersebut μ adalah nilai rata-rata least
square, B
i
adalah efek dari perkawinan (breed), S
j
adalah
efek dari jenis kelamin (sex), D
l
adalah efek dari umur, Y
m
adalah tahun lahir (year), G
n
adalah efek dari genotip
(genotype) and e
ijklmn
faktor kesalahan (error). Model ini
diimplementasikan dalam suatu program JMP dari SAS.
HASIL DAN PEMBAHASAN
Hasil analisis PCR - RFLP (genotipe)
Amplifikasi DNA menggunakan primer GH-5 dan GH-6
menghasilkan fragmen yang sangat spesifik sepanjang 329
bp lokus 2 gen hormon pertumbuhan (Gambar 1). Hasil
RFLP menggunakan enzim restriksi MspI terdapat 3
genotipe yang diperoleh: MspI (++), MspI (+-) dan MspI (--)
(Gambar 2.).
Lokus-lokus gen hormon pertumbuhan hasil amplifikasi
dengan menggunakan polymerase chain reaction kemudian
digunakan dalam reaksi digesti menggunakan enzim
restriksi (restriction endonuclease). Dalam melakukan
reaksi ini semua kondisi inkubasi yang diperlukan
disesuaikan dengan petunjuk dari masing-masing producer
enzim, dan semuanya diusahakan dalam kondisi yang
optimal. Untuk mengetahui penyebab terjadinya
polymorfisme ini, maka langkah selanjutnya dilakukan
sekuensing, sehingga pasti genotype yang dimiliki oleh
individu yang bersangkutan. Secara garis besar, genotipe-
genotipe yang diperoleh dari nalisis pola pemotongan oleh
enzim restriksi MspI terhadap fragmen 329bp tersebut
menghasilkan allel dan ukuran fragmen seperti ditunjukkan
pada Table 1.
Tabel 1. Situs restriksi MspI pada fragmen 453 bp lokus 2 (GH L2)
gen hormone pertumbuhan.
Enzim Allele
Jumlah situs
restriksi
Ukuran fragmen
(bp)
Msp I Msp I + 1 224,105
Msp I - 0 329
100 bp
marke
r
329 bp
100bp
600bp
100bp
marke
r
1
234
329bp
100bp
600bp
224bp
105bp

BIODIVERSITAS Vol. 6, No. 2, April 2005, hal. 77-81
80
Variasi genetik di tingkat jenis atau varitas adalah
sangat penting, karena pengetahuan tentang variasi
genetik ini dalam penerapannya dapat dijadikan dasar
dalam melakukan penyilangan. Polymorfisme pada
situs restriksi oleh enzim MspI pada lokus 2 gen
hormon pertumbuhan telah dilaporkan sebelumnya
pada sapi penghasil susu (Hoj et al., 1993; Lucy et al.,
1993; Schwerin et al., 1995; Soller, 1994), Bavarian
Simmental (Schlee et al., 1994a) dan sapi India (Mitra
et al., 1995). Sutarno (1998; 2004b) menunjukkan
terjadinya polymorfisme pada situs restriksi oleh enzim
restriksi AluI yang disebabkan oleh adanya substitusi
antara Leusin/Valin pada posisi 127 pada sapi
Hereford, composit dan benggala. Sedangkan
terjadinya polymorfisme MspI pada sapi Hereford dan
composit disebabkan oleh adanya transisi C menjadi T
pada posisi +837 (Sutarno, 1998).
Hasil sequensing
Sequensing terhadap berbagai genotipe (MspI (+/+),
MspI (+/-) dan MspI (-/-), baik ke arah forward maupun
backward dilakukan di Eijkman Institute of Molecular
Biology Jakarta (Data lengkap pada Sutarno, 2004a).
Frekuensi gen dan genotip
Frekuensi gen yang dihitung berdasar prinsip
keseimbangan Hardy-Weinberg diperoleh angka sebesar
0.74 untuk allel MspI (+), dan 0.26 untuk MspI (-).
Berdasarkan hasil analisis ini menunjukkan bahwa
frekuensi allel MspI (-) dalam populasi sapi PO sangat
rendah (0.26). Penelitian terhadap 8 jenis sapi di Australia
barat (Sutarno, 1998) menunjukkan adanya kemiripan
dengan hasil penelitian ini, dimana sapi-sapi jenis Fresian,
Simental, Charolais memiliki frekuensi allel MspI (-) yang
rendah berkisar antara 0.1 – 0.2, sedangkan sapi Limousin
memiliki frekuensi allel MspI (-) yang tinggi yaitu 0.46.
Dalam penelitian ini diperoleh genotipe MspI (+-) pada
populasi sapi PO sebesar 50%, genotip MspI (--) sebesar
7%, sedangkan genotipe MspI (++) sebesar 43%.
Penyebaran genotip ini ternyata sangat berarti dalam
hubungannya dengan tingkat pertumbuhan.
Pengaruh MspI terhadap fenotip pertumbuhan
Hasil analisis statistik pengaruh polimorfisme MspI pada
lokus 2 gen hormon pertumbuhan terhadap pertumbuhan
sapi PO disajikan pada Tabel 2.
Tabel 2. Hasil analisis statistik (menggunakan 2 model) pengaruh
polimorfisme MspI pada lokus gen hormon pertumbuhan terhadap
pertumbuhan (daily gain) sapi jenis PO (α = 0.05). * berbeda
secara signifikan.
Nilai signifikansi
Jenis sapi
Model I Model II
Benggala 0.01* 0.003*
Dua model berbeda yang digunakan (model I dan II)
menunjukkan bahwa MspI berpengaruh nyata pada
pertumbuhan sapi jenis PO. Penemuan ini sejalan dengan
hasil penelitian pada sapi composit dan Hereford (Sutarno,
1998).
Pengaruh umur dan jenis kelamin terhadap pertumbuhan
Hasil analisis statistik pengaruh data pendukung (umur
dan jenis kelamin) terhadap daily gain sapi PO disajikan
pada Tabel 3.
Tabel 3. Pengaruh umur dan jenis kelamin terhadap pertumbuhan
(daily gain) sapi jenis PO (α = 0.05). * berbeda secara signifikan.
Nilai signifikansi
Jenis sapi
Model I Model II
Benggala
Umur
Jenis kelamin
0.000*
0.000*
0.000*
0.010
Sesuai dengan hasil analisis pengaruh umur dan jenis
kelamin terhadap daily gain sapi jenis PO ternyata dua
variabel ini berpengaruh secara signifikan terhadap
pertumbuhan. Berdasarkan hasil tersebut, untuk tujuan
usaha penggemukan misalnya, perlu dipertimbangkan
faktor umur serta jenis kelamin untuk mendapatkan hasil
yang maksimal.
Uji lanjut genotip, umur dan jenis kelamin
Hasil analisis lanjut pengaruh MspI pada pertumbuhan
menunjukkan bahwa genotip MspI (+-) merupakan genotipe
individu superior dalam pertumbuhan, memberikan nilai DG
yang lebih besar dan berbeda secara signifikan (P = 0.001)
dibandingkan dengan genotip lainnya. Penemuan ini
memiliki arti yang sangat penting dalam seleksi sapi PO
dalam rangka untuk memperoleh sapi yang unggul dalam
produksi daging (pertumbuhan). Dengan penemuan ini
dapat digunakan sebagai dasar dalam deteksi awal suatu
bibit berdasarkan marken gen, apakah selanjutnya apabila
bibit dipelihara dapat memberikan pertumbuhan yang baik
atau tidak. Keputusan dini yang dapat diambil akan sangat
berarti dalam menekan kerugian biaya pemeliharaan, yang
berarti dapat memberikan keuntungan yang berarti bagi
pengusaha. Penemuan ini juga dapat dijadikan dasar dalam
perbaikan genetic populasi sapi PO, mengingat frekuensi
gen MspI (-) terhitung sangat rendah dalam populasi sapi
tersebut.
Uji lanjut terhadap hasil analisis data pendukung
menunjukkan bahwa sapi PO jantan memberikan nilai rata-
rata pertumbuhan harian (DG) yang lebih besar dan
berbeda secara signifikan (P = 0.000) bila dibandingkan
dengan sapi betina. Sedangkan untuk umur, diperoleh
bahwa pada sapi Benggala yang berumur antara 18-27
bulan memberikan nilai DG yang lebih besar dan berbeda
secara signifikan (P = 0.001) bila dibandingkan dengan sapi
yang sama pada tingkat umur yang lainnya. Berdasarkan
hal ini maka genotip bibit, ketepatan umur dan jenis kelamin
perlu diperhatikan dalam memilih sapi bakalan untuk usaha
penggemukan.
KESIMPULAN
Polimorfisme gen hormon pertumbuhan ditemukan pada
sapi PO dengan menggunakan enzim MspI. Variasi MspI
berpengaruh nyata pada pertumbuhan sapi PO yang mana
Individu bergenotipe MspI (+-) merupakan individu yang
unggul dalam pertumbuhan. Umur dan jenis kelamin juga
berpengaruh pada pertumbuhan (berat capaian harian) sapi
PO.

SUTARNO dkk. – Polimorfisme MspI pada sapi lokal
81
UCAPAN TERIMA KASIH
Terimakasih kami ucapkan kepada Neo Indra Lelana
SSi dan Agus Purwoko SSi yang telah membantu dalam
pengambilan sampel dan kerja lab, dan pada Menristek RI
yang telah mendanai penelitian RUT VIII ini. Publikasi ini
merupakan bagian dari hasil penelitian yang didanai proyek
RUT VIII.
DAFTAR PUSTAKA
Cunningham, E.P. 1994. The use of bovine somatotropin in milk production-
a review [Review]. Irish Veterinary Journal 47: 207-210.
Edwards, M. D. and N. J. Page. 1994. Evaluation of marker assisted
selection through computer simulation. Theoretical and Applied Genetics
88: 376-382.
Hediger, R., S.E. Johnson, W. Barendse, R.D. Drinkwater, S.S. Moore, and
J. Hetzel. 1990. Assignment of the growth hormone gene locus to
19q26-qter in cattle and to 11q25-qter in sheep by in situ hybridization.
Genomics 8: 171-174.
Hoj, S., M. Fredholm, N.J. Larsen, and V.H. Nielsen. 1993. Growth hormone
gene polymorphism associated with selection for milk fat production in
lines of cattle. Animal Genetics 24: 91-96.
Lande, R. and R. Thompson. 1990. Efficiency of marker-assisted selection in
the improvement of quantitative traits. Genetics 124, 743-756.
Lucy, M.C., S.D. Hauser, P.J. Eppard, G.G. Krivi, and J.H. Clark. 1993.
Variants of somatotropin in cattle - gene frequencies in major dairy
breeds and associated milk production. Domestic Animal Endocrinology
10: 325-333.
Mitra, A., P. Schlee, C.R.,Balakrishnan, and F. Pirchner. 1995.
Polymorphisms at growth-hormone and prolactin loci in Indian cattle and
buffalo. Journal of Animal Breeding and Genetics Zeitschrift fur
Tierzuchtung und Zuchtungsbiologie 112: 71-74.
Rocha, J.L., J.F. Baker, J.E. Womack, J.O. Sanders, and J.F. Taylor. 1991.
Associations between RFLPs and quantitative traits in beef cattle.
Journal of Animal Science 69 (suppl. 1): 201
Schlee, P., R. Graml, O. Rottmann, and F. Pirchner. 1994a. Influence of
growth-hormone genotypes on breeding values of simmental bulls.
Journal of Animal Breeding and Genetics Zeitschrift fur Tierzuchtung
und Zuchtungsbiologie 111: 253-256.
Schlee, P., R. Graml, E. Schallenberger, D. Schams, O. Rottmann, A.
Olbrichbludau, and F. Pirchner. 1994b. Growth hormone and insulin like
growth factor I concentrations in bulls of various growth hormone
genotypes. Theoretical and Applied Genetics 88: 497-500.
Schwerin, M., G. Brockmann, J. Vanselow, and H.M. Seyfert. 1995.
Perspectives of molecular genome analysis in livestock improvement.
Archiv fur Tierzucht Archives of Animal Breeding 38: 21-31.
Soller, M. 1994. Marker assisted selection - an overview. Animal
Biotechnology 5: 193-207
Sutarno, A.J. Lymbery, R.C.A. Thompson, and J.M. Cummins. 1996.
Associations between growth hormone genotypes and estimated
breeding values for pre-weaning growth of beef cattle. Proceedings of
The 13th International Congress on Animal Reproduction, Sydney June
30 - July 4, P26-19.
Sutarno. 1998. Candidate gene marker for production traits in beef cattle. In:
Veterinary Biology. Perth: Murdoch University.
Sutarno. 2004a. Seleksi untuk Memperoleh Sapi Pedaging Lokal Indonesia
Jenis Benggala yang Unggul dalam Produksi Daging Melalui Teknologi
Genetika Molekuler. [Laporan Penelitian RUT]. Surakarta: Lemlit UNS.
Sutarno. 2004b. Penyulihan asam amino leucin oleh valin pada posisi 127
gen penyandi hormon pertumbuhan dan pengaruhnya terhadap
pertumbuhan sapi benggala. Jurnal Veteriner 5 (1): 26-31.
Citations
More filters
Journal ArticleDOI
TL;DR: The results show that there is a variation of local pigs CO1 gene in North Sulawesi, and variations are also found in the amino acid sequence encoded by the GH gene.
Abstract: Growth hormone regulates reproduction and growth in mammals. A study was conducted to obtain the characteristics of the GH gene, in local pigs in North Sulawesi. Pig samples were obtained from traditional farmers, from four districts in North Sulawesi. DNA extraction and purification, using pig pituitary tissue. Amplification of GH gene, performed by PCR method. Visualization of CO1 gene amplikon, performed by electrophoresis technique. Sequencing, conducted through the First BASE Singapore sequencing service. The results show that there is a variation of local pigs CO1 gene in North Sulawesi. Variations are also found in the amino acid sequence encoded by the GH gene. Knowledge of the characteristics of local pig gh gene, the basics of selection of local pigs superior to North Sulawesi. Key words : growth hormone gen, local pigs, Sulawesi Utara Abstrak Gen growth hormone meregulasi reproduksi dan pertumbuhan pada mamalia. Telah dilaksanakan penelitian yang bertujuan untuk mendapatkan karakteristik gen GH pada babi lokal di Sulawesi Utara. Sampel babi diperoleh dari peternak tradisonal dari empat kabupaten di Sulawesi Utara. Ekstraksi dan purifikasi DNA menggunakan jaringan hipofisis babi. Amplifikasi gen GH menggunakan metode PCR. Visualisasi amplikon gen CO1 dilakukan dengan teknik elektroforesis. Sekuensing dilakukan melalui jasa layanan sekuensing First BASE Singapura. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variasi gen CO1 babi lokal di Sulawesi Utara. Variasi juga ditemukan pada urutan asam amino yang dikode oleh gen GH. Diketahuinya karakteristik gen GH babi lokal, menjadi dasar seleksi babi lokal unggul Sulawesi Utara.

3 citations

Journal ArticleDOI
09 Jan 2021
TL;DR: The analysis showed that the three growth genes were not significantly associated to body weight (birth weight, weaning weight and the weight at one year) on PO-Kebumen cattle.
Abstract: PO-Kebumen cattle was one of local genetic resources that famous with good body performance and high growth rate. The aim of this research was to detect growth hormone (GHR, GH and Pit-1) polymorphism and its association with body weight performance of PO-Kebumen cattle. The sample used in this research was 69 heads PO-Kebumen cattle belongs to the farmers of PO-Kebumen Cattle Farmer Association (ASPOKEB). This research observed the growth of PO Kebumen cattle, birth weight, weaning weight and the weight at one year. The parameters observed were birth weight, weaning weight and the weight at one year. The DNA extraction was carried out using blood samples. After DNA extraction, PCR-RFLP method was used to observe the genotype of three growth gene (GH, GHR and Pit1). The results showed that the GH and GHR genes were polymorphic, meanwhile Pit1 gene was monomorphic. The analysis showed that the three growth genes were not significantly associated to body weight (birth weight, weaning weight and the weight at one year) on PO-Kebumen cattle.

2 citations

Journal ArticleDOI
TL;DR: It is concluded that both GH|MspI and GHR|AluI gene are polymorphic but not significantly associated with CBW in Grati-PO cattle.
Abstract: Calf birth weight (CBW) is one of the important selection criteria to predict mature body weight and for calving ease in beef cattle. The GH and GHR genes are considered as candidate genes responsible for growth traits in cattle. The objectives of this study were to identify the polymorphism of GH|MspI and GHR|AluI genes and its association with CBW in Grati-PO cattle. A total of 186 Grati-PO cattle raised by BCRS from May to December 2017. Genomic DNA were isolated from whole blood and used in genotyping analysis using the PCR-RFLP method. The result showed that the average of CBW of Grati-PO cattle in present study was 25.58±3.31 kg. There was no statistical difference for CBW between male and female. The genotype frequency of CC, CT, and TT of GH gene were 1.1, 18.8 and 80.1 %, respectively and allele frequency of C and T of the GH gene were 0.105 and 0.895, respectively. While the genotype frequency of AA, AG, and GG of GHR gene were 66.1, 25.3 and 8.6 %, respectively, and allele frequency of A and G of GHR gene were 0.788 and 0.212, respectively. It concluded that both GH|MspI and GHR|AluI gene are polymorphic but not significantly associated with CBW in Grati-PO cattle.

2 citations


Cites background or methods or result from "MspI polymorphism of bovine growth ..."

  • ...Interestingly, this is contrary to the result on PO cattle from Grobogan district (Grobogan-PO cattle), where the frequency of MspI- allele was lower (0.26) than MspI+ allele (0.76) and the MspI-/- was the lowest genotype (Sutarno et al. 2005)....

    [...]

  • ...The specific fragments containing SNPs of GH and GHR gene were amplified using primer pairs designed by Sutarno et al. (2005) and Di Stasio et al. (2005), respectively....

    [...]

  • ...76) and the MspI was the lowest genotype (Sutarno et al. 2005)....

    [...]

Journal ArticleDOI
TL;DR: Polymorphism was found in Ongole Grade cattle, but not in Sumbawa and Aceh cattle, and there were polymorphisms in the ND-5 fragment of mitochondrial DNA.
Abstract: . Sutarno, Zahrah S, Astirin OP, Herawati E, Setyawan AD. 2019. Genetic diversity of Ongole Grade, Aceh, and Sumbawa cattle based on polymorphism on ND-5 fragment mitochondrial DNA using PCR-RFLP technique. Biodiversitas 20: 783-788. Genetic diversity is the basis of livestock breeding because it can be used as an initial improvement in livestock quality through artificial selection. This study aims to determine polymorphism in ND-5 fragment of mitochondrial DNA in Ongole Grade, Aceh, and Sumbawa cattle and their genetic diversity. The total DNA from the blood of the local cattle was extracted using the Wizard genomic DNA purification system from Promega and amplified using the PCR technique. The PCR product was then digested with HindIII enzyme using the RFLP technique to detect polymorphism. The genetic diversity of the Ongole Grade, Aceh, and Sumbawa cattle was analyzed using the formula from Nei and its genetic relationship was evaluated with the 2.02i NTSYSpc version program. Our findings showed there were polymorphisms in the ND-5 fragment of mitochondrial DNA. Digestion with HindIII restriction enzyme produces two types of haplotypes. Haplotype B is a 453 bp-sized DNA fragment that is not truncated by the HindIII enzyme, and haplotype A is a DNA fragment cut by HindIII enzyme into two with fragments of 336 bp and 117 bp. Polymorphism was found in Ongole Grade cattle, but not in Sumbawa and Aceh cattle. Haplotypes diversity in ND-5 fragments of mitochondrial DNA of Ongole Grade was 0.6250 while Sumbawa and Aceh cattle displayed no diversity of haplotypes. The genetic relationship shows that Sumbawa cattle belonged to the same cluster with Ongole Grade but separated from Aceh cattle.

1 citations


Cites background or methods from "MspI polymorphism of bovine growth ..."

  • ...Bovine genome mapping based on markers on DNA levels using molecular techniques such as Microsatellite, RAPD, RFLP PCR, has made it possible to identify gene loci that are responsible for variations in characteristics that have important economic value (QTL) (Sutarno et al. 2005; Sutarno et al. 2018)....

    [...]

  • ...…genome mapping based on markers on DNA levels using molecular techniques such as Microsatellite, RAPD, RFLP PCR, has made it possible to identify gene loci that are responsible for variations in characteristics that have important economic value (QTL) (Sutarno et al. 2005; Sutarno et al. 2018)....

    [...]

  • ...Genetic variations can also be used for species conservation in animals (Sutarno et al. 2005)....

    [...]