Showing papers by "Kevin L. Gunderson published in 1997"

Nucleic acid analysis techniques

Abstract: The present invention provides a simplified method for identifying differences in nucleic acid abundances (e.g., expression levels) between two or more samples. The methods involve providing an array containing a large number (e.g. greater than 1,000) of arbitrarily selected different oligonucleotide probes where the sequence and location of each different probe is known. Nucleic acid samples (e.g. mRNA) from two or more samples are hybridized to the probe arrays and the pattern of hybridization is detected. Differences in the hybridization patterns between the samples indicates differences in expression of various genes between those samples. This invention also provides a method of end-labeling a nucleic acid. In one embodiment, the method involves providing a nucleic acid, providing a labeled oligonucleotide and then enzymatically ligating the oligonucleotide to the nucleic acid. Thus, for example, where the nucleic acid is an RNA, a labeled oligoribonucleotide can be ligated using an RNA ligase. In another embodiment, the end labeling can be accomplished by providing a nucleic acid, providing labeled nucleoside triphosphates, and attaching the nucleoside triphosphates to the nucleic acid using a terminal transferase.

Evaluation rapide de difference d'abondance d'acides nucleiques, avec un systeme d'oligonucleotides haute densite

Abstract: L'invention concerne un procede simplifie pour mettre en evidence des differences dans l'abondance d'acides nucleiques (par exemple de niveaux de leur expression) entre deux echantillons ou davantage. Le procede consiste a preparer un systeme contenant un grand nombre (par exemple superieur a 1000) de sondes oligonucleotidiques differentes choisies arbitrairement, ou la sequence et l'emplacement de chaque sonde sont connus. Les echantillons d'acide nucleique (par exemple d'ARNm) de deux echantillons ou davantage sont soumis a une hybridation avec les sondes du systeme et le motif d'hybridation est determine. Les differences dans les motifs d'hybridation entre les echantillons indiquent des differences dans l'expression des differents genes, entre ces echantillons. L'invention concerne egalement un procede pour marquer l'extremite d'un acide nucleique. Dans une forme d'execution, le procede consiste a choisir un acide nucleique et un oligonucleotide marque et ensuite a lier l'oligonucleotide a l'acide nucleique par voie enzymatique. Ainsi, par exemple, quand l'acide nucleique est un ARN, on peut lier l'oligonucleotide marque en utilisant une ARN-ligase. Dans une autre forme d'execution, le marquage terminal peut se faire en choisissant un acide nucleique et des nucleosides triphosphates marques et en liant les nucleosides triphosphates a l'acide nucleique a l'aide d'une transferase terminale