The lion's share of bacteria in various environments cannot be cloned in the laboratory and thus cannot be sequenced using existing technologies. A major goal of single-cell genomics is to complement gene-centric metagenomic data with whole-genome assemblies of uncultivated organisms. Assembly of single-cell data is challenging because of highly non-uniform read coverage as well as elevated levels of sequencing errors and chimeric reads. We describe SPAdes, a new assembler for both single-cell and standard (multicell) assembly, and demonstrate that it improves on the recently released E+V-SC assembler (specialized for single-cell data) and on popular assemblers Velvet and SoapDeNovo (for multicell data). SPAdes generates single-cell assemblies, providing information about genomes of uncultivatable bacteria that vastly exceeds what may be obtained via traditional metagenomics studies. SPAdes is available online ( http://bioinf.spbau.ru/spades ). It is distributed as open source software.

SPAdes, a new genome assembly algorithm and its applications to single-cell sequencing ( 7th Annual SFAF Meeting, 2012)

An expert panel was convened in October 2013 by the International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics (ISAPP) to discuss the field of probiotics. It is now 13 years since the definition of probiotics and 12 years after guidelines were published for regulators, scientists and industry by the Food and Agriculture Organization of the United Nations and the WHO (FAO/WHO). The FAO/WHO definition of a probiotic--"live microorganisms which when administered in adequate amounts confer a health benefit on the host"--was reinforced as relevant and sufficiently accommodating for current and anticipated applications. However, inconsistencies between the FAO/WHO Expert Consultation Report and the FAO/WHO Guidelines were clarified to take into account advances in science and applications. A more precise use of the term 'probiotic' will be useful to guide clinicians and consumers in differentiating the diverse products on the market. This document represents the conclusions of the ISAPP consensus meeting on the appropriate use and scope of the term probiotic.

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Expert consensus document. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic

Increasing evidence suggests that Alzheimer's disease pathogenesis is not restricted to the neuronal compartment, but includes strong interactions with immunological mechanisms in the brain. Misfolded and aggregated proteins bind to pattern recognition receptors on microglia and astroglia, and trigger an innate immune response characterised by release of inflammatory mediators, which contribute to disease progression and severity. Genome-wide analysis suggests that several genes that increase the risk for sporadic Alzheimer's disease encode factors that regulate glial clearance of misfolded proteins and the inflammatory reaction. External factors, including systemic inflammation and obesity, are likely to interfere with immunological processes of the brain and further promote disease progression. Modulation of risk factors and targeting of these immune mechanisms could lead to future therapeutic or preventive strategies for Alzheimer's disease.

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Neuroinflammation in Alzheimer's disease

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)〔和文〕 (特集 ゲノム医学の現在と未来--基礎と臨床) -- (データベース)

Immune checkpoint inhibitors (ICIs) targeting the PD-1/PD-L1 axis induce sustained clinical responses in a sizable minority of cancer patients. We found that primary resistance to ICIs can be attributed to abnormal gut microbiome composition. Antibiotics inhibited the clinical benefit of ICIs in patients with advanced cancer. Fecal microbiota transplantation (FMT) from cancer patients who responded to ICIs into germ-free or antibiotic-treated mice ameliorated the antitumor effects of PD-1 blockade, whereas FMT from nonresponding patients failed to do so. Metagenomics of patient stool samples at diagnosis revealed correlations between clinical responses to ICIs and the relative abundance of Akkermansia muciniphila Oral supplementation with A. muciniphila after FMT with nonresponder feces restored the efficacy of PD-1 blockade in an interleukin-12-dependent manner by increasing the recruitment of CCR9+CXCR3+CD4+ T lymphocytes into mouse tumor beds.

http://science.sciencemag.org/content/sci/359/6371/91.full.pdf

Gut microbiome influences efficacy of PD-1–based immunotherapy against epithelial tumors

Zusammenfassung Sturzgeschehen bei älteren Menschen treten häufig auf und sind mit relevanten kurz- als auch langfristigen Traumafolgen assoziiert. Vor dem Hintergrund der demografischen Entwicklung rücken präventive Maßnahmen zunehmend in den Fokus. Wohnraumanalysen durch ErgotherapeutInnen ermöglichen die Evaluation extrinsischer und verhaltensbasierter Sturzrisikofaktoren. Verhältnisprävention im Sinne der ergotherapeutischen Wohnraumanalyse ist eine wirksame Maßnahme, um Morbidität und Mortalität, einhergehend mit Stürzen bei älteren Menschen, und den steigenden sturzassoziierten Gesundheitskosten vorzubeugen. Ergotherapeutische Wohnraumanalysen und entsprechende Sturzpräventionsmaßnahmen reduzieren Sturzrisiko und Sturzrate bei älteren Menschen mit erhöhtem Sturzrisiko effektiv und sind im Kontext bestehender gesetzlicher Rahmenbedingungen umsetzbar. Ziel dieser Übersichtsarbeit ist es, den optimalen Versorgungsprozess der Wohnraumanalyse, -beratung und -anpassung für sturzgefährdete PatientInnen durch HausärztInnen, OrthopädInnen und ErgotherapeutInnen darzustellen. 

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Sturzprävention bei älteren Menschen durch ergotherapeutische Wohnraumanalyse, -beratung und -anpassung: eine Prozessdarstellung

Der traumatisch bedingte Blutverlust ist nach wie vor mit einer hohen Mortalität assoziiert und ein wesentlicher Faktor zur Entwicklung einer „tödlichen Trias“, bestehend aus Acidose, Hypothermie und Koagulopathie. Blutungsquellen liegen v. a. im thorakalen, im abdominellen und im pelvinen Bereich sowie in den Extremitäten. Zur Blutungskontrolle gilt es, zeitnah die Blutungsquelle zu identifizieren und eine zielgerichtete Therapie einzuleiten. Grundsätzlich ist die Blutung schnellstmöglich zu stoppen und der Blutverlust auszugleichen, um so die mit einer Hämorrhagie assoziierten Komplikationen zu verhindern. Aufgrund ihrer Effizienz ist die chirurgische Intervention in der Akutsituation von besonderer Bedeutung. Der vorliegende Beitrag setzt sich mit der aktuellen Literatur bezüglich der zu treffenden diagnostischen und therapeutischen Maßnahmen im Bereich des Thorax, Abdomens, Beckens und der Extremitäten auseinander und beschreibt derzeitige Entwicklungen sowie neueste wissenschaftliche Erkenntnisse. Bestehende Algorithmen werden dargestellt und die Wertigkeit verschiedener blutstillender Verfahren für den Thorax und das Abdomen aufgezeigt, wodurch v. a. abdominell zunehmend ein Organerhalt erzielt werden kann. Bezüglich der Blutstillung bei schweren Becken- und Extremitätenverletzungen werden regelhaft angewandte Techniken beschrieben und ihre Wertigkeiten differenzierend eingeordnet. 

Falk Hildebrand

Papers

Sturzprävention bei älteren Menschen durch ergotherapeutische Wohnraumanalyse, -beratung und -anpassung: eine Prozessdarstellung

„Stop the bleeding“ – akute Blutungskontrolle bei Verletzungen von Körperstamm und Extremitäten